Elke school heeft een medezeggenschapsraad (MR) met een ouder- en een personeelsgeleding. Meer informatie over de MR is te vinden op de website van de betreffende school.

Omdat Panta Rhei meer dan één school beheert, is er ook een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). Zaken die alle (of de meerderheid van de) scholen betreffen worden hier voor advies, instemming of ter informatie voorgelegd. Werkgroepen van de GMR bereiden de beleidsdocumenten voor, al dan niet in gesprek met de desbetreffende stafmedewerker, en brengen vervolgens een stemadvies uit aan de desbetreffende geleding of aan de voltallige GMR.  
De GMR bestaat uit 17 leden, kent een dagelijks bestuur, en vergadert in de regel vijf keer per jaar. In het schooljaar 2023-2024 zijn vergaderingen gepland op 10 oktober 2023, 12 december 2023, 14 februari 2024, 18 april 2024 en 18 juni 2024.
Jaarlijks organiseert de GMR een avond voor alle MR-leden van de scholen. Dit schooljaar vindt die avond plaats op 14 maart 2024. 

Meer informatie is te vinden in het:
- GMR-reglement
- Huishoudelijk reglement GMR
- Medezeggenschapstatuut