Panta Rhei heeft een College van Bestuur dat is belast met het bestuur en beheer van de stichting. Het toezicht op het functioneren van de organisatie in het algemeen en het College van Bestuur in het bijzonder is in handen van de Raad van Toezicht.  Panta Rhei is het bevoegd gezag van 16 scholen voor primair onderwijs in de gemeente Leidschendam-Voorburg (12), Voorschoten (2), Oegstgeest (1) en Den Haag (1). Panta Rhei heeft scholen voor r.-k., algemeen bijzonder en openbaar onderwijs. De doelstelling van de stichting en de taken en verantwoordelijkheden van de genoemde organen zijn vastgelegd in de statuten van Panta Rhei.

Het College van Bestuur van Panta Rhei bestuurt op hoofdlijnen. Het College van Bestuur behoudt altijd de eindverantwoordelijkheid, stelt het strategisch beleidsplan, de begroting en de jaarrekening vast en beslist over zaken zoals arbeidsvoorwaarden. Per basisschool heeft een directeur de eerste verantwoordelijkheid ten aanzien van het onderwijskundig management en de operationele zaken op zijn/haar basisschool. De directeur participeert ook in de bovenschoolse beleidsontwikkeling. Om deze bestuursfilosofie in de praktijk te kunnen borgen wordt gewerkt op basis van domeinen waarmee de belangrijkste aandachtsgebieden op bestuurlijk gebied worden afgebakend en gedekt. Dit betreft de domeinen: Personeelszaken, Onderwijs en Kwaliteit, Financiën en Huisvesting/ICT.